歌仔戲使用的曲調，根據音樂學者徐麗紗教授的研究，分為錦歌、哭調、民歌、戲曲和新調等五大類。其中，除了錦歌類曲調來自於民間說唱「唸歌仔」，其餘皆為後來陸續添增。抗日戰爭期間，在廈門又有邵江海等人所創的改良調，透過1948年大陸漳州市南靖縣都馬鄉葉福盛的「都馬班」（原名「新來春」）傳進臺灣，人稱都馬調，成為臺灣歌仔戲的重要曲調。
由於曲調產生時間先後的不同，過去曾有保守人士認為唯有錦歌類的七字調、大調、倍思、雜唸仔等，才算是「正宗」歌仔調，而排斥廣播歌仔戲和電視歌仔戲時期編創的「新調」（或稱「變調」）。又有學者提出：唯有七字調、江湖調、哭調等曲調，才是「依字行腔」，才能達到「詩樂和諧」；變調因為旋律固定，都產生「詰屈聱牙」，詩樂不諧的情形。
另外，從結構來說，歌仔戲音樂屬於既非「曲牌體」，亦非「板式變化體」的「雜綴體」。臺灣歌仔戲長期以來在真實生活中承受衝擊，並不斷成長，為了因應不同的場域演出需求，在不同時期，都有新曲調的加入。有些吸收自其他劇種或表演藝術，有些則是新編。一直以來，都是以「增加曲調」的方式充實內涵，維持了「雜綴體」的結構。
大陸歌仔戲多了一些刻意變化的因素，自1951年實行「戲曲改革」以來，「板式變化體」被視為是技術較高的戲曲音樂結構，因而許多地方戲編曲，都被鼓勵往「板式變化」發展。多年以來，大陸薌劇的「七字調」和「改良調」已編創出多種板式，漸漸向「板式變化體」靠攏。這是閩、臺歌仔戲在音樂發展的不同之處。1990年代開始，臺灣精緻劇場歌仔戲的演出製作，常常邀請大陸人才合作，漸漸的，也把這種板式化的曲調帶到臺灣來。一開始並不被所有人所接受，這種板式變化的存在，被視為是大陸「薌劇」的標誌之一。經過了多年的兩岸合作，大陸「七字調」和「改良調」的不同板式曲調，才被當作一種「新編曲調」，納入臺灣原有的「雜綴體」概念之中。
為新編劇目創新曲調的工作，這十幾年來在臺灣不曾間斷，累積了一批新創曲調，堪稱繼「廣播歌仔戲」、「電視歌仔戲」之後，「精緻歌仔戲」階段開創的新風貌。這些曲調個人風格強烈，細膩動聽。其甚者，因為創新比例超過傳統，「歌仔戲音樂劇」於是出現在舞台上，可以說將歌仔戲音樂帶入了一個新紀元。其間著名的作曲家，包括周以謙、柯銘峰、劉文亮、陳孟亮、黎瀚江、莊家煜、李哲藝、陳歆翰、朱蔚嘉等，人才輩出。
本年度入圍台新表演藝術獎，剛在國家劇院演出的「秀琴歌劇團」《安平追想曲》，其音樂創造便是一個令人欣喜的驚嘆號！周以謙透過全盤的音樂設計，盡情的揮灑了他對這個故事的情感想像。悠然流轉的旋律，清晰的刻劃出新世紀以來，臺灣歌仔戲音樂迥異於大陸薌劇的身影，也貼近的呼應了近年新興實驗劇場歌仔戲的開創精神。
